Besluiten de gehele stichting aangaand zijn voorbehouden aan het College van Bestuur. De schoolleiders, verenigd in het schoolleidersoverleg, bespreken en adviseren beleidsvoorstellen. Binnen dit overleg functioneren expertisegroepen die in nauwe samenwerking met het college van bestuur beleidsvoorstellen ontwikkelen.
De stichting heeft een bestuurskantoor, waar stafmedewerkers voor de gebieden personeel, onderwijs en financiën ondersteunende en adviserende werkzaamheden verrichten voor College van Bestuur en schoolleiders. Het bestuurskantoor is gevestigd in Deventer.
Elke school heeft zijn eigen pedagogisch profiel en ontwikkelt dat verder. De dagelijkse leiding van de school ligt bij de schoolleiding. Deze is integraal verantwoordelijk voor de eigen school. Alle beleidsgebieden behoren tot het werkveld van de schoolleider. Het beleid wordt uitgevoerd binnen de kaders die het College van Bestuur heeft vastgesteld.. Intern regelt de school hoe leerkrachten en ouders daarin samenwerken.
De Raad van Toezicht houdt op het beleid van het College van Bestuur toezicht. De kaders en afspraken zijn vastgelegd in een bestuursreglement. In de samenstelling van de Raad weerspiegelen zich enerzijds verbondenheid met een van de vrijescholen in de stichting, anderzijds met deskundigheid in een van de portefeuilles. De Raad bestaat uit minimaal vijf en maximaal negen leden.
De stichting heeft een Gemeenschappelijke Medezeggenschapsraad, elke school heeft een eigen medezeggenschapsraad. De reglementen zijn gebaseerd op het Medezeggenschapsstatuut.
Het reglement voor de locale medezeggenschapsraden is identiek. Het bevoegd gezag wordt in de locale MR vertegenwoordigd door de schoolleiding.