Zonder in een uitputtend overzicht te vervallen kunnen we zeggen, dat onze stichting een logisch gevolg is van de samenwerking van vrijescholen in Midden-, Oost- en Noord-Nederland. Sinds begin jaren negentig van de vorige eeuw is op allerlei manieren de band tussen de scholen onderwerp van gesprek geweest. Het is tegelijkertijd ook een zoektocht geweest naar intensiteit en vorm.
Dat alles in een snel veranderende omgeving: een toename van de verantwoordelijkheden van de besturen van de scholen, een steviger vraag vanuit de maatschappij naar resultatenverantwoording en een forse financiële, materiële en personele eigen verantwoordelijkheid. Een van de antwoorden op al deze uitdagingen is bestuurlijke schaalvergroting. Het biedt naast het verminderen van zakelijke risico’s, meer mogelijkheden voor het ontwikkelen van personeelsbeleid en kwaliteitsverbetering van het onderwijs. Het heeft als gevaar, dat bestuursbeleid verder af komt te staan van wat in de scholen gebeurt. Het heeft als risico dat initiatiefkracht uit de scholen weggetrokken wordt.

Op grond van langdurig overleg over mogelijke vormen van samenwerking die passen bij vrijescholen hebben tien schoolbesturen met ingang van 1 augustus 1999 besloten tot een bestuurlijke samenwerking. Vijf jaar lang hebben deze scholen gezamenlijk werkgelegenheidsbeleid gevoerd. De directeuren hebben samengewerkt via uitwisseling van informatie en intervisie. In juni 2003 hebben betrokken besturen een intentieverklaring getekend om een intensief onderzoek te doen naar de mogelijkheden van een fusie van besturen.
Per 1 januari 2005 is de Stichting Vrijescholen Athena daarvan het resultaat. De vrijescholen van Almelo, Arnhem, Brummen, Deventer, Doetinchem, Enschede, Oldenzaal en Winterswijk gingen verder in een bestuurlijke organisatie. Op 1 januari 2006 sloot de vrijeschool van Apeldoorn zich aan. Vanaf 1 augustus 2008 is de stichting uitgebreid met de vrijescholen van Emmen, Leeuwarden en Meppel.